1999 começa com o Pumpkins procurando por um novo manager e descansando após finalizada a turnê mundial de divulgação do disco "Adore". Boatos de que a banda estava prestes a entrar no estúdio para gravar um novo álbum estavam se espalhando rapidamente, mas nada era oficial.

Em fevereiro, novamente a indústria de boatos entra em ação, enquanto o Pumpkins não dava sinais de vida: muitos diziam que Jimmy Chamberlin estava reassumindo as baquetas do Pumpkins. Outra notícia bastante difundida dizia que Billy Corgan, D'arcy e James haviam entrado em um estúdio e já tinham cerca de 40 músicas prontas para o novo disco, sendo que uma delas seria aproveitada na trilha sonora do filme "Stigmata". O Pumpkins continuava sem se pronunciar, e sabia-se somente que eles tentariam divulgar o mínimo possível seus próximos passos.

Em março, James Iha e Adam Schlesinger (líder do Fountains of Wayne) formam uma sociedade e inauguram um estúdio chamado Stratosphere Sound. A primeira banda a gravar material lá foi o Fulflej, que faz parte do cast da Scratchie Records. No final desse mês, Billy Corgan participa de um show beneficiente ao lado de seu pai (que já tinha sido guitarrista de jazz) no Metro, em Chicago. E, junto com o Pumpkins, Billy confirma uma pequena turnê de oito shows em pequenas casas noturnas dos EUA. Fontes na Internet garantiam que esse pequeno giro serviria de teste para o novo material que a banda supostamente havia gravado, além de marcar o retorno de Jimmy Chamberlin.

Em abril, os boatos se confirmam: Billy Corgan anuncia que Jimmy estava se juntando mais uma vez ao Smashing Pumpkins, fazendo sua re-estréia na pequena turnê que estava para começar no dia 10, em Michigan. E, depois de inaugurar seu site oficial (http://www.smashingpumpkins.com), o Pumpkins volta à ativa, apresentando nessa turnê - que se extende até o fim de maio - várias músicas inéditas.

Em junho, o recém inaugurado site oficial do Pumpkins noticia que Billy Corgan e Mike Garson (tecladista da banda de David Bowie) escreveram várias músicas para a trilha sonora do filme "Stigmata", sendo que uma delas, chamada "Identify", já tinha sido inclusive gravada pela cantora Natalie Imbruglia. E também é nesse mês que finalmente o Pumpkins resolve tornar clara sua situação: cerca de 60% do novo álbum, ainda sem previsão de lançamento, já estava concluído, e o produtor escolhido foi novamente Flood.

Em julho, no dia 14, Billy a James participam de um chat com fãs do mundo todo através de seu site oficial. Na metade do mês, a Virgin Records anuncia que o novo disco do Smashing Pumpkins estava programado para ser lançado em fevereiro do ano 2000.

Em agosto, a banda passa grande parte do tempo em Chicago gravando as novas músicas. Poucas informações eram passadas para a imprensa, mas já se sabia que a sonoridade seria bem diferente daquela adotada em "Adore", sendo que para muitos o principal motivo dessa possível volta às raízes era fruto da volta de Jimmy à banda. O próprio Billy Corgan dava pistas sobre o novo disco ao falar sobre a reintegração do baterista: "When Jimmy left, we weren't that Smashing Pumpkins anymore, so we didn't try to be. Then he comes back and we literally went right back to where we left off because it has got something to do with the four people". Ainda em agosto, Billy arranja tempo para participar das gravações das músicas da trilha sonora de "Stigmata", que contariam ainda com outros nomes famosos.

No dia 9 de setembro, uma notícia divulgada pela própria banda choca os fãs: a baixista D'arcy acabara de sair do Smashing Pumpkins. Billy e James fazem questão de dizer que: a banda não estava se separando; a volta de Jimmy não tinha nada a ver com a decisão de D'arcy; e o novo disco, que já havia sido quase que totalmente finalizado, não sofreria nenhuma alteração, nem mesmo em sua data de lançamento (inicialmente, 15 de fevereiro de 2000). As razões para a saída de D'arcy não foram imediatamente divulgadas, o que resultou em muitos boatos na Internet, mas hoje sabe-se que a baixista saiu da banda simplesmente por estar cansada da vida de rock star. D'arcy queria se dedicar à Scratchie Records, passar mais tempo em sua fazenda e também fazer cinema.

Em outubro, o Pumpkins finalmente contrata um novo manager. Na edicão do dia 9 do Los Angeles Times, é noticiado que Sharon Osbourne, esposa de Ozzy Osbourne, foi contratada para trabalhar com o Smashing Pumpkins. Sharon desde cedo se viu no meio burocrático do rock. Seu pai, Don Arden, foi empresário do Black Sabbath durante um bom tempo, e a própria Sharon é tida por muita gente como a responsável pelo sucesso da carreira solo de Ozzy (e talvez, pelo fato de Ozzy estar ainda vivo). Sharon também é responsável pelo festival itinerante Ozzfest, além de administrar várias outras bandas.

No dia 19 de novembro, o Pumpkins oferece uma audição especial de seu novo disco (ainda sem nome confirmado) para alguns executivos da Virgin e alguns poucos amigos próximos. Todos ficam bastante empolgados com o novo trabalho, que teve seu lançamento adiado para o dia 29 de fevereiro.

E, depois de finalmente cobrir o posto de empresário da banda, em novembro o Pumpkins acha uma nova baixista: no dia 25, é anunciado que Melissa Auf Der Maur (que tocava no Hole e havia se desligado da banda de Courtney Love na mesma época que D'arcy deixou o Pumpkins) estava se juntando a Billy, James e Jimmy. Também em novembro são divulgadas as datas da turnê mundial que a banda estava prestes a iniciar para divulgar o novo disco, que permanecia sem título.

O novo line-up do Smashing Pumpkins

No começo de dezembro, aparece a primeira música do novo disco do Pumpkins nas rádios. Chama-se "The Everlasting Gaze", e surpreende muitos fãs devido suas guitarras pesadas e ritmo contagiante. A letra da canção não poderia ser mais sintomática: basta dizer que a primeira frase cantada por Billy é "You know I'm not dead". No dia 20, o Pumpkins libera "The Everlastig Gaze" para ser copiada pela Internet, e anuncia também que o primeiro single de seu novo disco será lançado no mês que vem, e se chamará "Stand Inside Your Love".

O ano 2000 começa e o Pumpkins passa janeiro praticamente inteiro fazendo shows pelo mundo. No dia 11, Sharon Osbourne diz a imprensa que não vai mais trabalhar com o Smashing Pumpkins, devido à problemas de relacionamento com Billy Corgan. Ela chegou a dizer em algumas entrevistas que "it was with great pride and enthusiasm that I took on management of the Pumpkins back in October, but unfortunately I must resign today due to medical reasons - Billy Corgan was making me sick!!''. Dali há dois meses, o Pumpkins iria processar Sharon alegando quebra do contrato assinado entre eles no dia 4 de outubro de 1999. Ainda em janeiro, aparecem muitos boatos pela Internet dando conta de que a banda irá acabar depois do lançamento de seu novo trabalho, que a essa altura, já possuia título e track-list conhecidos. O quinto álbum de estúdio do Pumpkins se chamaria "MACHINA / the machines of God".

No dia 25 de janeiro, a ex-baixista do grupo, D'arcy, é presa em Chicago com a posse de três bolsas contendo um tipo de cocaína conhecida como crack. Ela estava acompanhada de um amigo chamado Tony Young, que acabou sendo inocentado. D'arcy foi liberada após informada de que teria que comparecer ao Chicago Court Branch no dia 14 de fevereiro.

Em fevereiro, após seu julgamento, D'arcy é setenciada a passar dois meses em uma clínica de reabilitação para viciados. Depois de feito esse tratamento, se ele for bem sucedido, as acusações de posse de drogas contra ela serão retiradas (privilégio sempre concedido aos réus primários). No dia 23, o Smashing Pumpkins rompe relações com a Virgin Records. Billy Corgan diz estar cansado de ser um "servente ligado por um contrato". A Virgin estava estudando nessa época uma possível união com a EMI, outra gigante da indústria fonográfica mundial. E finalmente, no dia 29 de fevereiro, é lançado "MACHINA / the machines of God" (na Inglaterra, o lançamento aconteceu no dia anterior). O novo disco do Pumpkins entra direto na terceira posição no Billboard Top 200. A banda começa oficialmente a "The Sacred and the Profane Tour" para divulgar seu mais recente trabalho ao redor do mundo.

O mês de março é praticamente todo dedicado à shows pelos EUA. A reação do público ao novo disco é extraordinária. A banda parece ter encontrado o equilíbrio perfeito entre as guitarras de "Mellon Collie and the Infinite Sadness" e a delicadeza de "Adore".

Em abril, é anunciado que o Pumpkins irá participar da Summersault 2000, um festival no Canadá ao lado das bandas Our Lady Peace e Foo Fighters.

Uma das enigmáticas figuras de "MACHINA / the machines of God"

Com os clips de "The Everlasting Gaze" e "Stand Inside Your Love" fazendo muito sucesso, as vendas de "MACHINA / the machines of God" indo muito bem e as apresentações ao vivo sempre lotadas, a banda de Billy Corgan parecia ter voltado à sua grande fase, sendo novamente quase uma unanimidade entre público e imprensa. Tudo parecia correr muito bem, com os fãs e a banda uma vez mais em sintonia.

Mas alguns mistérios se escodem nas belas ilustrações do encarte de "MACHINA / the machines of God"... os próximos meses guardam muitas surpresas sobre o futuro do Smashing Pumpkins. Boas e más notícias reveladas em um pequeno espaço de tempo que nenhum fã poderia esperar.