Os problemas entre os integrantes do Smashing Pumpkins já eram conhecidos e tidos como fato por fãs e imprensa. Eles próprios admitiam isso. Billy disse certa vez que o Pumpkins não funcionava como uma banda normal, e que os períodos juntos eram verdadeiros pesadelos para ele. Atualmente ele acrescenta ainda que, essa fase inicial foi tão ruim que ele não gosta nem de pensar nisso, quanto mais de falar sobre. Por conta disso, ele passou pelo famoso bloqueio criativo do qual tantos artistas reclamam, não conseguindo escrever e nem compor músicas por algum tempo. Para tentar esquecer isso, e enfrentar as expectativas que se criaram em cima do Smashing Pumpkins e principalmente dele próprio, Billy Corgan frequentou durante algum tempo um terapeuta.

No fim da turnê de "Gish", em setembro de 1992, a banda se concedeu um perídodo de descanso (o fato de ficarem longes um dos outros já era algo reconfortante), mas logo a Virgin começou a pressioná-los para a gravação de um novo disco. Assim, no começo de 1993, o Smashing Pumpkins começa a trabalhar para lançar seu segundo disco, o sucessor de "Gish".

Mas,antes do lançamento do disco, enquanto iniciavam-se as sessões de gravação, a banda reaparece no cenário musical. No dia 15 de março, fazem um show no Center Stage em Atlanta. Tocam algumas músicas inéditas que irão estar no segundo disco, como "Quiet" e "Today". As gravações desse novo trabalho estavam acontecendo justamente em Atlanta, no Triclops Sound Studio, e um dos motivos que os levaram a escolher esse local foi para tentar manter Jimmy Chamberlin longe de Chicago, onde ele tinha muita facilidade de conseguir drogas. Mas parece não ter adiantado, pois ele teve várias recaídas durante as sessões, chegando até a ter que ficar 5 dias longe dos estúdios para se reabilitar de uma crise mais grave. Fora isso, as gravações decorreram sem problemas mais graves e acabaram consumindo a maior parte da primeira metade do ano de 1993.

Em maio, Billy Corgan compra uma casa em Chicago, em um bairro chamado Wrigelyville, que fica a cerca de uma hora ao sul de seu bairro natal, Glendale Heights. A casa que ele comprou foi construída originalmente em 1897, tendo passado por uma reforma recentemente. Billy comprou também um piano datado de 1920, colocando-o perto de uma das janelas. Apesar disso, ele só conseguiu passar sua primeira noite no novo lar três meses após efetuada a compra, devido as gravações em Atlanta.

Em junho, depois de aproximadamente 5 meses nos estúdios (novamente ao lado do produtor Butch Vig) e com 8 horas diárias de trabalho, a banda termina seu segundo álbum. Todas as músicas foram meticulosamente trabalhadas, reforçando ainda mais o mito que se formava em torno de Billy Corgan, que o descrevia como um músico extremamente minuncioso e por vezes até neurótico. Algumas passagens de guitarras chegaram ser regravadas 28 vezes. Aliás, o grande mistério envolvendo esse processo de gravação é se Billy Corgan gravou ou não a mairoria dos instrumentos que ouvimos no álbum. Na época ele dizia simplesmente que não era uma atitude muito política dizer isso, já deixando quase como certo que a afirmação era realmente verdadeira. Hoje em dia, ele costuma dizer que "se" isso aconteceu, foi porque ele era o compositor das músicas e que a banda definitivamente não se acertava.

O Smashing Pumpkins gravou mais de 25 canções durante esse período dentro do estúdio, sendo que apenas 13 saíram efetivamente no disco. Ainda existiam mais 15 músicas escritas por Billy Corgan, mas que acabaram não sendo gravadas. Essas novas composições sacramentam o estilo de compor e escrever de Billy Corgan, e alçam-no à posição de um dos melhores letristas da década de 90. Em suas canções, transparecem seus sentimentos, seus desejos e emoções. Refletem sua vida, sua infância, seu relacionamento com as pessoas próximas, como amigos, mulheres, pais e irmãos. Por exemplo, "Spaceboy" é dedicada à seu irmão mais novo, chamado Jesse Corgan, que possui um raro problema genético em seus cromossomos. Sobre isso, ele disse em entrevistas que era interessante perceber que enquanto seu irmão era um "freak of nature", ele próprio era um "freak of society". Ainda em junho, depois do exaustivo período no estúdio, a banda se apresenta no Rio de Janeiro e faz um show acústico na MTV americana.

O primeiro single do novo álbum que está por vir se chama "Cherub Rock" e é lançado no dia 13 de julho. Além da canção título (que Billy diz ser uma reflexão sobre sua relação com a mídia e a contracultura), figuram no single a canção "French Movie Theme" e uma outra que não é listada no encarte.

No dia 27 de julho, "Siamese Dream", o segundo álbum do Smashing Pumpkins, é finalmente lançado. Um cálculo interessante mostra que para cada 45 segundos de música do disco, dois dias foram consumidos em estúdio. Butch Vig, em uma entrevista na época do lançamento, faz uma comparação entre Billy Corgan e Kurt Cobain: enquanto o líder do Nirvana simplesmente chegava no estúdio, tocava o que tinha que tocar e ia embora, Billy Corgan chegava a ficar 16 horas diariamente trabalhando em suas composições. Outros fatos ilustram bem como foi gravar "Siamese Dream": Billy pediu na época para não ser contactado por ninguém que mantinha alguma relação com ele, pois queria concentra-se completamente em seu trabalho. Por fim, vale dizer que as gravações consumiram 250 mil dólares (que a Virgin considerou muito bem gastos, tal era a expectativa criada em torno do novo disco do Smashing Pumpkins) e que as meninas da capa do disco são irmãs de D'arcy.

Depois disso, o relacionamento entre os quatro integrantes parecia um pouco mais estável. A convivência aparentemente trouxe um pouco mais de tolerância e respeito à eles, e o mínimo que se pode exigir de uma banda - que eles se suportem - já acontecia. Mas ainda não eram grandes amigos, e o encarte de "Siamese Dream" prova isso: antes de listar as pessoas à quem agradeciam, eles fizeram questão de escrever: "The Smashing Pumpkins, in a rare show of unity, wish to thank...".

O disco entrou direto na décima posição no Billboard Chart. No dia seguinte ao lançamento, o Smashing Pumpkins parte para um turnê de divulgação de seu novo trabalho, chamada "Rock Invasion", ao lado do Red Red Meat. O primeiro show acontece no Cabaret Metro, em Chicago, que também foi palco de algumas das primeiras apresentações da banda. E foi durante essa turnê, em uma pequena cerimônia realizada em sua casa em Chicago, que Billy Corgan se casou com Chris Fabian, uma artista plástica que trabalhava em um museu dessa mesma cidade, e com quem namorava fazia muito tempo. O casal iria se separar algum tempo depois.

Em agosto, as vendas de "Siamese Dream" começaram a surpreender. O disco ganhou muitas resenhas positivas, e até as vendas de "Gish", que a essa altura tinha vendido cerca de 300 mil cópias, começaram a subir consideravelmente. Billy Corgan passou a dar muitas entrevistas e fazia declarações reveladoras, como "caso esse disco não dê certo, a banda vai acabar" e "quando o grupo acabar, pretendo seguir uma carreira solo, algo com influências eletrôncias... estou cansado de guitarras".

O segundo single, "Today", sai em setembro. Billy Corgan curiosamente explica que é sobre suicídio, ato que ele quase cometeu anteriormente. "É engraçado cantar sobre o melhor dia da minha vida... simplesmente porque não podia ficar pior", disse em uma das centenas de entrevistas que ele concedeu nessa época.

Paralelamente à turnê, a banda fez várias apresentações em rádios e programas de televisão. Destacam-se a aparição no tradicional programa inglês White Room e no não menos tradicional americano Saturday Night Live, onde tocaram "Cherub Rock" e "Today".

Em novembro, "Siamese Dream" ganha disco de platina, devido às 1 milhão de cópias vendidas. Nesse mês, a banda (e em especial, Billy Corgan) continua dando entrevistas. Nelas, Corgan passa a ser perguntado sobre seu suposto antigo relacionamento com Courtney Love (ele se nega a falar sobre isso), e declara também que, quem ler com atenção as letras de "Siamese Dream", vai chegar a conclusão que ele é um perfeito desajustado.

Foto promocional de "Siamese Dream"

Uma outra entrevista interessante concedida por ele foi para a revista Detais, onde diz que a segunda música do disco, chamada "Quiet", é sobre seu relacionamento com seus parentes, e sobre a impressão que tinha quando jovem de que o mundo inteiro o reprimia.

O Smashing Pumpkins começa o ano de 1994 se apresentando na Austrália. Ainda em janeiro, Billy Corgan revela alguns planos da banda para aquele ano: lançar um disco contendo apenas b-sides (e que saiu no fim do ano) e também um disco ao vivo (que acabaria saindo sob a forma de um vídeo, chamado "Vieuphoria"). Outras entrevistas foram dadas pelos membros do Pumpkins, nas quais, por exemplo, Jimmy fala (para a revista Modern Drummer) sobre como aprendeu a tocar bateria e suas experiências anteriores com o jazz, e James fala (para a revista Sassy) sobre seu cão de estimação, chamado Bugg.

Em março, "Gish" ganha disco de ouro pelas 500 mil cópias vendidas e é lançado mais um single de "Siamese Dream", chamado "Disarm" (a música preferida de Billy desse disco). Esse single saiu em duas versões distintas, uma contendo a palavra "smile" na capa e com as músicas "Soothe" e "Blew Away" (essa última escrita e cantada por James Iha), e a outra com a palavra "heart" e com a música "Dancing in the Moonlight". Em um show no dia 25 desse mês, no Palmer Auditorium na cidade de Davenport, a banda apresenta a música "Bullet With Butterfly Wings".

Em abril, quando "Siamese Dream" ganhou disco duplo de platina, o Pumpkins fez uma apresentação especial no Filmore Auditorium, em San Francisco, que estava sendo re-aberto depois de 27 anos sem funcionar. Nessa ocasião, Billy disse que eles só tinham uma regra em seus shows: não atendiam pedidos da platéia. Para nós brasileiros, é interessante notar que alguns anos mais tarde, em uma aparição no já finado Programa Livre, Billy Corgan disse a mesma coisa quando uma garota da platéia do ex-programa de Serginho Groissman pediu que ele cantasse "Disarm". Mas, depois de um novo pedido, Corgan resolveu fazer uma excessão e cantou um trechinho de sua canção predileta.

Em junho, Billy consegue tirar um tempo de sua agenda para dedicar um pouco ao Starchildren, seu projeto paralelo. Eles fazem seu terceiro show no dia 18 desse mês, e lançam um disco pela TVT Records, juntamente com a banda Catherine. O line-up do Starchildren possuia Billy, James e Jimmy do Pumpkins, Mark Rew do Catherine e Mary Magdaline. Nesse show, a banda tocou alguns covers, canções antigas e algumas canções inéditas do próprio Pumpkins, que irão aparecer em lançamentos futuros.

Em julho, o Smashing Pumpkins acaba se transformando no headliner do tradicional festival Lollapalooza. Inicialmente o Nirvana seria o headliner, mas com o suícidio de Kurt Cobain em abril, o Pumpkins (que já estava no cast de apresentações) foi escolhido para essa posição. Ainda nesse mês, Billy Corgan diz à revista Musician que o próximo disco da banda provavelmente seria duplo.

Em setembro, em uma entevista à revista Guitar Player, ele revela mais detalhes sobre o futuro novo lançamento. Ele disse que será disco mais eclético da banda, com várias influências diferentes, com músicas acústicas, pesadas, eletrônicas, instrumental, e até com orquestras, sendo que ele já havia composto 40 delas, e somente 28 seriam escolhidas. As gravações deveriam começar após o fim da turnê de "Siamese Dream". Também em setembro, a famosa revista Spin nomeia o Pumpkins como a banda do ano.

Em outubro, no dia 4, é lançado o prometido álbum de b-sides. "Pisces Iscariot" possui, além das canções escritas pelo Pumpkins que por um motivo ou por outro não entraram nos dois discos de estúdio anteriores, dois covers: "Landslide" do Fleetwood Mac e "A Girl Named Sandoz" do Animals. O encarte possui explicações sobre cada canção, digitadas descompromissadamente em uma máquina de escrever por Billy Corgan. A banda também lançou em edição limitada o disco "Earphoria", que seria uma versão em disco do vídeo "Vieuphoria", lançado fazia pouco tempo. Ainda em outubro, "Gish" é relançado, com uma remasterização parcial. Esse relançamento foi pouco noticiado.

Terminadas a turnê de "Siamese Dream" e as exaustivas apresentações no Lollapalooza (que Billy descreve como sendo uma das melhores e uma das piores experiências de sua vida), a banda resolve descansar durante algum tempo antes de começar a trabalhar no próximo álbum. Nesse período longe dos palcos e estúdios, D'arcy e James formaram juntos a Scratchie Records, um selo independente.

O Smashing Pumpkins como um todo parecia mais coeso, e sem a maioria dos vários problemas de antigamente. Esse entrosamento e a melhora no relacionamento entre eles vai se refletir diretamente no trabalho que virá a seguir... e que será por muitos aclamado como um disco único na história da música.