No dia 19 de maio de 2000, uma boa notícia: D'arcy consegue se livrar das acusações de porte de drogas, devido seu sucesso no centro de reabilitação ao qual havia sido submetida pela justiça. Mas, quatro dias depois, a pior notícia que um fã do Smashing Pumpkins poderia ter vira realidade. No dia 23 de maio, Billy Corgan dá uma entrevista bombástica para a rádio americana KROQ, sediada em Los Angeles, dizendo que ao final da "Sacred and Profane Tour", o Smashing Pumpkins irá encerrar suas atividades. "We're at the end of our road emotionally, spiritually, and musically", disse ele. "We thought that we'd tell people when the album came out, but now that the album's out, it's fine". Corgan contou mais detalhes sobre essa decisão, deixando claro que era algo já definido por ele há bastante tempo. "We just wanted to do one more album, not because 'Adore' was received poorly, but just to reconnect with the band's audience. Unfortunately it didn't work out that way with D'Arcy, but... it's more about completing the circle and leaving things on a positive note. It's just about leaving everybody with a nice kiss, and one more swing".

"There's nothing wrong inside the band but the way the culture is and stuff, it's hard to keep trying to fight the good fight against the Britneys", disse também Corgan nessa entrevista, ao tentar explicar que não houvera nenhuma briga entre os integrantes da banda, e também mostrando sua insatisfação com a música e a indústria fonográfica dos dias atuais.

Foi uma bomba para os milhões de fãs ao redor do mundo. Corgan disse também que quem acompanhava bem as letras da banda, e prestou atenção às canções de "MACHINA / the machines of God", sabia que a banda estava apenas esperando o momento certo de anunciar seu fim. Com isso, não demorou muito para aparecerem ainda mais teorias e boatos sobre as ilustrações e sobre a história por trás desse último disco do Pumpkins. Corgan, misteriosamente, não confirma e nem nega que realmente exista uma história ou mensagem por trás, não somente de "MACHINA / the machines of God", como também de todos os discos da banda. E não dá para negar que, na ilustração chamada "Plate XII - In all things the symbols reign supreme" de "MACHINA / the machines of God", existe algo, no mínimo, curioso: o número 23, rabiscado embaixo de um número 5, que para muitos é uma alusão à data que Corgan anunciou o fim (23/05). E, nessa mesma figura, está escrita a seguinte frase: "To finish when seven is one". Alguém aí lembrou que "MACHINA / the machines of God" é o sétimo trabalho oficial lançado pelo Smashing Pumpkins? As ilustrações desse disco seguem-se parecendo realmente descrever a carreira do Pumpkins em ordem cronológica.

Deixando de lado todos esses mistérios, o fato é que a banda não deve começar o milênio junta. Ainda nessa entrevista, Corgan dá várias outras declarações importantes, como ao dizer que realmente ainda não sabia o que iria fazer, apesar de ter certeza que logo estaria no meio musical novamente. E também garatiu que existiam ainda muitas sobras de estúdio, não só das seções de gravação de "MACHINA / the machines of God", como também dos discos anteriores, dando pistas que a banda planejava lançar isso de algum jeito antes de se separar, possivelmente sob a forma de uma continuação de "MACHINA / the machines of God".

O Pumpkins iria continuar sua turnê mundial (ainda existiam datas no Japão, Europa e Canadá, além de apresentações em programas de TV dos EUA) e depois, possivelmente em julho, entrariam no estúdio para dar um retoque final em algumas canções antes de lança-las.

Pela Internet, ao mesmo tempo que surgem as teorias sobre o mistério envolvendo o último disco da banda e seu encarte, aparecem também declarações de fãs ardorosos do Pumpkins, sejam implorando à Billy Corgan para que ele voltasse atrás, ou agradecendo-o pela música que o Pumpkins produziu em sua mais de uma década de existência.

Em julho, através de seu site oficial, a banda anuncia que já estava em Chicago trabalhando em várias músicas para serem lançadas em um último trabalho do Smashing Pumpkins, ainda sem data para ser lançado. Sobre isso, Corgan disse: "It's sometimes hard to jog the memory of what we were thinking or doing at any given moment because some of these songs haven't been worked on in over a year, but now is the right time because after the band splits it is not the kind of thing you want to try to finish in 10 years or so, when we go ahead and put out that penultimate box set". Corgan também fazia referências ao "all the deep alchemical codes of Machina", deixando os fãs ainda mais curiosos e os debates pela Internet ainda mais acirrados. A banda ainda não sabia se esse último lançamento seria um box set, um disco duplo ou um disco simples. Quem sabe, nenhuma dessas alternativas...

Em julho, a banda anuncia que lançara no dia 11 de setembro mais um single para "MACHINA / the machines of God". Ele se chamara "Try, try, try", e além da música-título, possuirá a faixa "Here's to the Atom Bomb". O Pumpkins estava nesse momento em turnê pela Europa, e em uma entrevista, James Iha diz que, a exemplo do que dissera anteriormente Billy Corgan, ele não sabia o que iria fazer depois do fim da banda. "I just don't want to do that for the rest of my life. It sounds depressing. I mean, rock 'n' roll is great, but in some sort of grand, immortal sense, I don't want to look back and be this old rock 'n' roll codger. I think there's more to life than rock 'n' roll", disse ele.

Em agosto, Corgan anuncia que iria vender sua casa em Chicago, aquela que ele havia comprado com parte do dinheiro que "Gish" lhe rendeu. Ele diz que a casa - construída no século passado - tem um valor sentimental para ele, e faz questão que seu novo dono cuide bem dela. "This house is full of love. I don't think anything ever bad happened in it, and being an artist, I'm sensitive to that", disse ele em uma entrevista. A razão da mudança é simples: Corgan não tem mais descanso lá, pois todos sabem que é sua moradia.

Corgan e seu piano em sua antiga casa em Chicago

Isso foi principalmente depois que a revista Chicago publicou uma foto da casa em uma edição de 1995.

No dia 14, o Smashing Pumpkins inaugura em seu site uma estação de rádio, onde tocam suas músicas inéditas, b-sides e apresentações ao vivo. Logo depois, a banda parte para o Canadá para participar do festival Summersault 2000. No dia 22, mais novidades no site oficial do Pumpkins: a banda disponibiliza o clip completo de "Try, try, try", dirigido por Jonas Akerlund (que já trabalhou com Madonna e Prodigy), para seus fãs assistirem. A versão que estava passando na MTV teve algumas cenas censuradas.

Em setembro, Corgan anuncia em uma entrevista que participará de um tradicional programa americano chamado "Storytellers", onde irá explicar para os fãs o significado de várias de suas letras. Ele diz também que pretende revelar no fim do ano todo o conceito envolvendo o disco "MACHINA / the machines of God", e, por fim, revela que "there's more surprises coming, more music, more stuff, more surprises".

E a maior surpresa após o fim da banda não demora a acontecer. O Smashing Pumpkins libera as únicas 25 cópias de seu último disco, chamado "MACHINA II / The Friends and Enemies of Modern Music". A banda cedeu essas cópias para amigos próximos e fãs clubes, pedindo que estes divulguem, copiem e distribuam pela Internet o máximo possível, para que todos os fãs ouçam. O Pumpkins, que não teve nenhuma ajuda da Virgin Records, produziu sozinho esse novo álbum, que consiste em três EPs de 10'' e um LP duplo, em um total de 25 músicas. O efeito é imediato: na mesma semana, vários sites começam a disponibilizar as músicas para download. Corgan faz questão de dizer que "MACHINA II / The Friends and Enemies of Modern Music" não será lançado oficialmente. Músicas inéditas, b-sides e versões diferentes de faixas que apareceram em "MACHINA / the machines of God" fazem parte do track-list do novo disco.

Billy Corgan: o homem por trás do Smashing Pumpkins

Em outubro, a banda anuncia as datas dos dois últimos shows: 29 de novembro e 2 de dezembro de 2000. Ambos os shows ocorreram em Chicago, cidade natal da banda, e foram apresentações carregadas de emoção (com Billy Corgan chorando copiosamente ao final do último show, enquanto o público ia a loucura), aparições especiais e set lists gigantescos (o último show durou cerca de 4 horas) com várias músicas de todos os trabalhos da banda, jams e covers. A banda chega finalmente ao fim depois de uma carreira brilhante que durou cerca de uma década e juntou milhões de fãs fanáticos.

Em 2001, algumas novidades: a Virgin anuncia, para o fim do ano, o lançamento de uma coletânea. Billy volta aos estúdios para gravar uma participação no novo disco do New Order, "Get Ready". Ele canta e toca guitarra na faixa "Turn my Way". Em novembro, Billy e Chamberlin criam o Zwan, ao lado de David Pajo e Matt Sweeney. Em dezembro, enquanto o Zwan já faz os seus primeiros shows, a Virgin lança "Rotten Apples", a coletânea do Smashing Pumpkins. Inicialmente, ele vem com um disco bônus chamado "Judas 0", com b-sides e músicas inéditas. Outros lançamentos vêm a seguir: o DVD "The Smashing Pumpkins 1991-2000" que reúne todos os vídeos da banda, além de uma reedição do disco "Earphoria" e uma em DVD do vídeo "Viewphoria".